Introducción. El entrenamiento de músculatura respiratoria (EMR) aminora los efectos negativos del reflejo metabólico sobre el rendimiento físico, mejorando la oxigenación en áreas cerebrales implicadas en actos motores, músculos respiratorios y locomotores. Objetivo. Evaluar el efecto del entrenamiento de fuerza (Inspiratory Threshold Loading, ITL) versus resistencia (Hiperpnea Isocápnica Voluntaria, HIV) de músculos respiratorios sobre la desoxigenación tisular (ΔTissue Saturation Index, TSI) inducida por el ejercicio de alta intensidad en corteza prefrontal (PFC), músculos respiratorios (m.Intercostales) y locomotores (m.Vastus Lateralis) en atletas de resistencia aeróbica. Métodos. Veinte atletas (6 mujeres) entrenaron durante cinco semanas HIV (3 sesiones x semana, 12 minutos a 70% CVF) o ITL (5 sesiones x semana, 7 minutos y 20 segundos a 30 rpm a 60% PImax). Los participantes completaron pre y post-intervención un test cardiopulmonar (CPET) y un test de carga constante de alta intensidad (TLim) con registro continuo de TSI mediante dispositivos portátiles (Portalite® y Portamon®) provistos con tecnología de espectroscopía cercana al rango infrarrojo (Near Infrared Spectroscopy, NIRS). El contraste del efecto de ITL con HIV se analizó en ΔTSI post-entrenamiento mediante la prueba t-Student para muestras no pareadas. El efecto de cada método o de entrenamiento se analizó con t-Student para muestras pareadas. Se determinó el tamaño del efecto (effect size, ES) de ITL e HIV con d–Cohen. Resultados. No hubo diferencias significativas entre ITL vs HIV en ΔTSI–PFC (p=0,389), ΔTSI–m.Intercostales (p=0,489), y ΔTSI–m.Vastus Lateralis (p=0,452). El ES para ITL y HIV fue pequeño en PFC (0,34 y 0,47), en m.Intercostales fue pequeño (0,31 y 0,28), y trivial en m.Vastus Lateralis (0,10 y 0,08), respectivamente. Conclusión. El entrenamiento de resistencia de músculos respiratorios (HIV) mejoró la función pulmonar, rendimiento físico, y eficiencia ventilatoria, independiente de los cambios en la desoxigenación tisular inducida por el ejercicio físico constante de alta intensidad en atletas